بعضی از مردم برای توجیه اینکه برخی از علما در فتنه 88 از نظام دفاع نکردند ، می گفتند که اگه آیت الله بهجت هم زنده بودند ، سکوت می کردند و دلیل سکوت این علما ضدیت با رهبری نبوده و فقط می خواستند خود را وارد سیاست نکنند. برای اثبات اینکه اگر آیت الله بهجت زنده بودند، سکوت نمی کردند و شاید موضعی شبیه به آیت الله نوری همدانی می گرفتند ، دو نمونه از رفتار ایشان در مورد رهبری را می نویسم:
1) فرزند مرحوم آیه الله بهجت:
در سفر قبلی مقام معظم رهبری به قم دیدم این پیرمرد نود ساله در میان مردم و مستقبلین حرکت می کند .
عرض کردم : شما با این شلوغی به زحمت می افتید.
ایشان فرمودند : اگر می دانستند استقبال از این سید چه ثوابی دارد دیگر کسی در خانه نمی ماند.
2) درسال 68 عده ای خطاب به آیت الله بهجت گفتند : آقای خامنه ای برای رهبر شدن جوان است.
ایشان فرمودند : همان یکبار که گفتند علی علیه السلام جوان است برای هفت پشتمان بس است .
امام خامنه ای : پرت كردن حواس مردم از انتخابات با یك ماجرای سیاسی، اقتصادی یا امنیتی 